在忍之谷附近的一个山洞，发现不明物体似向某个地方传达讯息......另一 边在疾风流忍术学校忍风馆，馆长日向无限斋为应付五百年一次的忍术比试，开始教导众学员。突然间发生地震，结界被破坏，宇宙忍群邪神者出现并将所有疾风流学员杀光。幸好无限斋的女儿胧把残存的三名学员鹰介、七海及吼太救出，并任命他们成为传说中的继承人Hurricanger (忍风战队) 。  　　邪神者为了得到“那个”，忍风战队便阻止他们。在战斗期间出现了两名神秘战士，他们自称为轰雷者，原来是另一 派迅雷流生还的霞兄弟，但是他们憎恨疾风流并以他们为敌。为了达到邪神者同一目的，于是不断刁难忍风战士。后来他们因被利用而心心不忿，和得到鹰介三人体谅，最终两大流派一起联手对 付邪神者，并成功消灭其中一名宇宙忍者。  　　五位忍者战士受了中忍一击，生命危在旦夕，接近死亡边缘之际，绿之光弹手里剑者及时出现救活他们， 因为他的出现，不知道其身份只靠变装执行任务，他的主人就是宇宙统一忍者流的始祖觉罗。所有宇宙忍者被击败， 其后“那个”迫近，鹰介及忍者们全力去阻止地球变成黑暗世界。 经历战事过后，这班年青忍者明显成长了，忍术学校的毕业典礼顺利完成。

萧炎初入中州奇遇不断，实力一路高进。为寻找药老昔日挚友风闲，萧炎独闯四方阁大会脱颖而出震惊全场，风闲许诺定会全力协助萧炎营救药老。冰河谷垂涎厄难毒体疯狂追捕小医仙，萧炎怒歼对手双方结下不解之仇。冰河谷怀恨在心勾结魂殿大肆围攻萧炎，危急关头萧薰儿破空现身强势出手，携古族之威雷霆退敌，两人互诉衷肠后不舍暂别。丹会如期召开，萧炎力压一众竞争者荣获冠军。不料丹塔异宝三千焱炎火意外失控，萧炎力挽狂澜挫败魂殿计划，惊险降服火灵再添一大助力。药老被魂殿暗中转移至亡魂山分殿囚禁，萧炎不惧强敌立即集结人马抢攻，数轮恶斗后终于成功救出药老，师徒再度相聚但萧炎却付出巨大代价仅存一线生机。

阴守护（私市淳 配音）出身于历史悠久的忍者世家，外表看起来呆头呆脑的他自然也继承了流传在家族血液之中的忍术。阴守护家世世代代都肩负着保护绀若家的责任，而阴守护要保护的，是绀若家的大小姐绀若优奈（中原麻衣 配音）。实际上，阴守护一直都非常真挚的喜欢着优奈，可是，家族传统让他只能够将这份心意深深的埋藏在心底。  　　阴守护和优奈就读于同一所学校之中，在这里，他们结识了很多有趣的朋友们——含着金汤匙出生的千金大小姐沢菓爱里（新谷良子 配音）、一心想要杀掉优奈但渐渐被阴守护所吸引的剑客真双津椿（小岛幸子 配音），会有怎样好玩的故事发生在这里呢？

1161年，大宋国土幅裂，金主完颜亮侵占中原，并再欲大举南侵。中原百姓不堪严苛压榨，奋起抗金，年方二十一岁的辛弃疾聚集乡众参加了由耿京领导的一支声势浩大的起义军，战功赫然。1162年，力主驱逐侵虏、收复失土、实现统一的辛弃疾，奉命南下说服南宋朝廷北伐，在他完成使命归来，却见主帅耿京被叛徒杀害后义军溃散的乱状。侠义所使、激愤所驱和再凝义军士气所谋，辛弃疾率五十多骑突袭数万人金军大营，生擒叛徒南归，写就一段悲壮的峥嵘历史。

1161年，大宋国土幅裂，金主完颜亮侵占中原，并再欲大举南侵。中原百姓不堪严苛压榨，奋起抗金，年方二十一岁的辛弃疾聚集乡众参加了由耿京领导的一支声势浩大的起义军，战功赫然。1162年，力主驱逐侵虏、收复失土、实现统一的辛弃疾，奉命南下说服南宋朝廷北伐，在他完成使命归来，却见主帅耿京被叛徒杀害后义军溃散的乱状。侠义所使、激愤所驱和再凝义军士气所谋，辛弃疾率五十多骑突袭数万人金军大营，生擒叛徒南归，写就一段悲壮的峥嵘历史。

经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。  　　同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判所表示他们只关心被封印起来的天狗，认为这是施莱德个冒牌货，所以没有必要与其一般见识。这一情况惹恼了阿特姆施莱德，之后因为朋友的背叛，滨户良随阿特姆流亡者们转移逃离了日本，但终究还是在美国被杀害了。  　　侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了新一代的忍者神龟，斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识，希望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务，但是惨遭失败，露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战，最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥打成重伤，在朋友帮助下逃过，休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，但是我们知道这只是他的机器外壳，而神龟们的代价则是失去了他们的父亲:斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史，但是就在这时，施莱德再度出现了，一番大战后，施莱德露出了他的真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……